アポロ月面着陸から20年…　新たなる人類の可能性を模索しながら、スペースシャトルは地球周回軌道を航行していた。　ある日、乗組員が広大な宇宙空間で巨大宇宙船を発見する。　そこにはエイリアンの遺体と奇怪な物体が残されていた。　それは、その後始まる恐怖の体験の前ぶれにすぎなかった…。地球からは発見することの出来なかった月の巨大遺跡の存在と、その中でその中で生き残っていた地球人と差異のない女性エイリアン。　そんな“未知との遭遇”を経ながら、乗組員たちは恐るべき機械生命体〈カリアン〉とおわりなき死闘をくり広げる…。